GNU Emacsは、主にキーボードでの操作を想定して設計されています。メニューバーやツールバーを通じてマウスで編集コマンドを出すことも可能ですが、通常はキーボードを使うほど効率的ではありません。
Emacsにおけるキーボード入力は、大幅に拡張されたASCIIに基づいています。‘a’、‘B’、‘3’、‘=’、およびスペース文字（SPCと表記）などの単純な文字は、対応するキーを押すことで入力できます。RET、TAB、DEL、ESC、F1、Home、LEFTといった制御文字や、非英語圏のキーボードにある特定の文字（国際文字セットのサポートを参照）も、同様に入力されます。
Emacsは、修飾キーを用いて入力される制御文字も認識します。よく使われる修飾キーには、Control（通常はCtrlと表記）とMeta（通常はAltと表記）の2つがあります3。例えば、Control-aはCtrlキーを押しながらaを押すことで入力でき、これを略してC-aと呼びます。同様に、Meta-a（略してM-a）は、Altキーを押しながらaを押すことで入力できます。修飾キーは、C-F1やM-LEFTのように、英数字以外の文字にも適用可能です。
また、ESC で始まる2文字のシーケンスを使用して、Meta文字を入力することもできます。したがって、ESC a と入力することで M-a を入力できます。ESC C-a と入力することで、C-M-a（Ctrl と Alt を同時に押したまま a を押す）を入力できます。Meta とは異なり、ESC は独立した文字として入力されます。次の文字を入力する際に ESC を押し続けるのではなく、ESC を押してから離し、次に文字を入力します。この機能は、Meta キーが確実に動作しない一部のテキスト端末で有用です。
Emacsではさらに3つの修飾キーがサポートされています。詳細は修飾キーを参照してください。
Emacsは、マウスボタンやマウスホイール、タッチパッドやタッチスクリーンなどのポインティングデバイスを幅広くサポートしています。詳細はマウス入力を参照してください。
グラフィカルディスプレイでは、ウィンドウマネージャが M-TAB、M-SPC、C-M-d、C-M-l を含む一部のキーボード入力をブロックすることがあります。この問題が発生した場合は、ウィンドウマネージャをカスタマイズしてこれらのキーをブロックしないようにするか、影響を受ける Emacs コマンドを再バインドしてください（カスタマイズを参照）。
1つのEmacsフレームでミニバッファプロンプトが表示されている一方で、他のEmacsフレームが入力を無視しているように見える場合は、シングルキーボードモードを無効にするとよいでしょう。複数ディスプレイを参照してください。
単純な文字や制御文字、およびマウスクリックなどの特定の非キーボード入力は、総称して入力イベントと呼ばれます。Emacsが内部的に入力イベントをどのように処理するかについての詳細は、The Emacs Lisp Reference Manualの入力イベントを参照してください。