X Window Systemにおいて、PGTKやHaikuには、Xアプリケーション内で最後に選択されたテキスト領域（通常はマウスのドラッグ操作による）を含むプライマリセレクションが存在します。通常、このテキストはmouse-2クリックによって他のXアプリケーションに挿入できます。プライマリセレクションはクリップボードとは別物です。その内容はより不安定であり、マウスでテキストを選択するたびに上書きされますが、一方でクリップボードは明示的な切り取りやコピーコマンドによってのみ上書きされます。
Xでは、リージョンがアクティブなときはいつでも（マークとリージョンを参照）、リージョン内のテキストがプライマリセレクションに保存されます。これは、リージョンがマウスのドラッグやクリック（編集用マウスコマンドを参照）、あるいはキーボードコマンド（例：C-SPCと入力してポイントを移動させるなど。マークの設定を参照）によって作成されたかに関わらず適用されます。
変数 select-active-regions を only に変更すると、Emacs は一時的にアクティブなリージョン（つまり、マウスや Shift
選択で指定したもの。Shift 選択
を参照）のみをプライマリ選択に保存します。select-active-regions を nil に変更すると、Emacs はアクティブなリージョンをプライマリ選択に一切保存しなくなります。
プライマリ選択内容をEmacsバッファに挿入するには、挿入したい箇所でmouse-2 (mouse-yank-primary)をクリックしてください。編集用マウスコマンドを参照してください。また、select-enable-primaryが設定されている場合は、通常のEmacs yankコマンド (C-y) を使用してこのテキストを挿入することもできます（クリップボードの使用を参照してください）。
デフォルトでは、Emacs は別のプログラムでテキストが選択された後もリージョンを有効に保ちますが、これは一般的な X
の動作とは異なります。別のプログラムがプライマリセレクションにデータを配置した後に Emacs がリージョンを無効にするには、グローバルマイナーモード
lost-selection-mode を有効にしてください。
MS-Windowsにはプライマリ選択機能はありませんが、Emacsでは選択テキストを内部的に保持することで、単一のEmacsセッション内でこれをエミュレートしています。そのため、プライマリ選択に関連するすべての機能やコマンドは、同一セッション内での切り取り・貼り付けに関してはWindows上でもXと同様に動作しますが、Emacsセッション間や他のアプリケーションでは動作しません。