プライマリ選択に加えて、X Window Systemにはセカンダリ選択と呼ばれる同様の機能が用意されています。現在ではセカンダリ選択を利用するXアプリケーションはほとんどありませんが、以下のEmacsコマンドでアクセスできます。
ボタンを押し込んだ位置を始点とし、離した位置を終点として、二次選択を行います（mouse-set-secondary）。ドラッグすると、選択したテキストがsecondary-selectionフェイスでハイライトされます。mouse-set-regionと同様に、マウスをウィンドウの上端または下端から外に移動させると、ウィンドウが自動的にスクロールします（編集用マウスコマンドを参照）。
このコマンドはキルリングを変更しません。
二次選択の一方の端点を設定します（mouse-start-secondary）。もう一方の端点を設定するにはM-mouse-3を使用し、選択を完了させます。このコマンドは、新しい選択を開始する際に、既存の二次選択をすべて解除します。
セカンダリ選択（mouse-secondary-save-then-kill）を設定します。一方の端をクリックした位置M-mouse-3に、もう一方の端を先ほどM-mouse-1で指定した位置に設定します。これにより、選択したテキストがキルリングに入ります。同じ位置に2つ目のM-mouse-3を設定すると、先ほど行ったセカンダリ選択で指定したテキストが削除されます。
クリックした位置に2次選択を挿入し、ポイントを抜き出したテキストの末尾（mouse-yank-secondary）に配置します。
M-mouse-1 を2回または3回クリックすると、mouse-1 と同様に単語や行に対して操作が行われます。
mouse-yank-at-point が nil 以外の場合、M-mouse-2
はポイントでヤンクします。この場合、正確にどこをクリックしたか、あるいはフレームのどのウィンドウをクリックしたかは問いません。編集用マウスコマンド
を参照してください。このユーザーオプションはインタラクティブ検索にも影響します。nil
以外の場合、フレーム内の任意の場所でマウスでヤンクすると、そのテキストが検索文字列に追加されます。