デフォルトでは、Emacsは左マウスボタンでのカーソル移動や、マウスポインタのドラッグによる範囲選択など、あらゆる標準的なマウス操作をサポートしています。すべてのマウス操作は、キーボードイベントにコマンドを割り当てるのと同様の方法で、コマンドに割り当てることができます（キーを参照）。本セクションでは、Emacsにおけるマウス操作の概要について説明します。Emacsのマウスコマンドに関する詳細については、編集用マウスコマンドおよびそれに続く各セクションを参照してください。
マウスの左ボタンをクリックすると、Emacsはmouse-1イベントを受信します。そのイベントにどのコマンドが割り当てられているかを確認するには、C-h cと入力してからマウスの左ボタンをクリックしてください。同様に、マウスの中ボタンはmouse-2、右ボタンはmouse-3です。ホイール付きマウスを使用している場合、ホイールイベントは通常wheel-downとwheel-up、あるいはmouse-4とmouse-5のいずれかに割り当てられていますが、これはオペレーティングシステムの設定によって異なります。
一般的に、レガシーなXシステムや端末（テキスト端末でのマウス使用を参照）ではmouse-4およびmouse-5が報告され、それ以外のすべてのシステムではwheel-downおよびwheel-upが報告されます。
一部のマウスには水平スクロールホイールも搭載されており、タッチパッドでも通常は水平スクロールが可能です。これらのイベントは、ターミナルやレガシーXシステムを除くすべてのシステムでは
wheel-left および wheel-right として報告されますが、これらのシステムでは mouse-6 および mouse-7 となります。
また、キーボード修飾キーとマウスイベントを組み合わせることもできるため、例えばMetaキーを押したままマウスの中ボタンを使用した際に発動する専用コマンドを割り当てることが可能です。その場合、イベント名はM-mouse-2となります。
一部のシステムでは、タッチスクリーンイベントを処理するためのコマンドをバインドすることもできます。その場合、イベントは touchscreen-update および touchscreen-end と呼ばれます。