ミニバッファがアクティブな状態でインクリメンタル検索を開始すると、Emacsは他のバッファと同様にミニバッファの内容を検索します。通常のバッファを検索する場合とは異なり、ミニバッファの表示にエコーエリアが使用されるため、検索文字列はエコーエリアに表示されません。
ミニバッファでのインクリメンタル検索で一致するものが見つからない場合、ミニバッファの履歴が検索されます。ミニバッファの履歴を参照してください。Emacsでは、ミニバッファとその履歴を一連のページとして扱い、最古の履歴要素を最初のページに、現在のミニバッファを最後のページに配置しています。前方検索 C-s は後続のページへと検索し、逆方向検索 C-r は先行するページへと検索します。通常のバッファ検索と同様に、検索に失敗した場合は、最後のページから最初のページへ、あるいはその逆へと循環することがあります。
ミニバッファでのインクリメンタル検索により、履歴要素の一部である一致項目が見つかった場合、その履歴要素がミニバッファに取り込まれ、表示されます。インクリメンタル検索を通常通り終了した場合（例：RET と入力した場合）、その要素はその後もミニバッファに残ります。C-g で検索をキャンセルすると、ミニバッファの内容が検索開始時の状態に戻ります。