マージコマンドの入力には、「高速モード」と「編集モード」の2つのモードから選択できます。高速モードでは、基本的なマージコマンドは単一文字で入力できますが、通常のEmacsコマンドは無効になります。マージコマンドのみを使用する場合に便利です。編集モードでは、すべてのマージコマンドがプレフィックスキー C-c C-c で始まり、通常のEmacsコマンドも利用可能です。これによりマージバッファの編集が可能になりますが、Emergeの動作は遅くなります。
e で編集モードに、C-c C-c f で高速モードに切り替えます。モード行では、編集モードと高速モードがそれぞれ ‘E’ と ‘F’ で表示されます。
Emergeには、特定のマージコマンドの動作に影響を与えるサブモードがさらに2つ用意されています。「Auto Advance」モードと「Skip Prefers」モードです。
Auto Advanceモードが有効な場合、aおよびbコマンドは次の差分へと進みます。これにより、入力からいずれかの選択肢を選ぶだけで、マージをより迅速に進めることができます。モードラインには‘A’と表示され、Auto Advanceモードであることが示されます。
Skip Prefers モードが有効な場合、n および p コマンドは、状態「prefer-A」と「prefer-B」の相違をスキップします（State of a Difference を参照）。したがって、どちらのバージョンも正しいとは想定されていない相違点のみが表示されます。モード行には ‘S’ と表示され、Skip Prefers モードであることが示されます。このモードは、祖先が存在する場合にのみ適用されます。
コマンド s a (emerge-auto-advance) を使用して Auto Advance
モードを設定または解除します。s s (emerge-skip-prefers) を使用して Skip Prefers
モードを設定または解除します。これらのコマンドは、正の引数でモードをオンに、負またはゼロの引数でオフにし、引数なしでモードを切り替えます。