各パッケージは、パッケージアーカイブから単一のパッケージファイル—Emacs Lispソースファイル、または複数のEmacs Lispソースファイルやその他のファイルを含むtarファイル—の形式でダウンロードされます。パッケージファイルは、パッケージをインストールするEmacsコマンドによって自動的に取得、処理、および破棄されます。通常、パッケージを作成する場合（The Emacs Lisp Reference ManualのPackagingを参照）を除き、これらを直接扱う必要はありません。万が一、パッケージファイルから直接パッケージをインストールする必要がある場合は、M-x package-install-fileコマンドを使用してください。
インストールされると、パッケージの内容は ~/.emacs.d/elpa/
のサブディレクトリに配置されます（変数 package-user-dir
をカスタマイズすることで、そのディレクトリ名を変更できます）。パッケージのサブディレクトリ名は name-version となり、ここで name はパッケージ名、version
はそのバージョン文字列となります。
package-user-dir に加えて、Emacs は package-directory-list
に列挙されたディレクトリ内のインストール済みパッケージを探します。これらのディレクトリは、システム管理者が Emacs
パッケージをシステム全体で利用可能にするためのものであり、Emacs 自体がそこにパッケージをインストールすることはありません。package-directory-list のパッケージ用サブディレクトリは、package-user-dir と同様の構成になっています。
パッケージの削除（パッケージメニューバッファを参照）では、対応するパッケージのサブディレクトリを削除します。これはpackage-user-dirにインストールされたパッケージに対してのみ有効であり、システム全体のパッケージディレクトリにあるパッケージに対して操作を指示した場合、削除コマンドはエラーを返します。