デフォルトでは、Alt および Option キーは Meta と同じです。Mac の Cmd キーは Super と同じであり、Emacs はこの修飾キーを用いて、他の Mac / GNUstep アプリケーションと同様のキーバインドセットを提供しています（macOS / GNUstep におけるウィンドウシステムイベント を参照）。これらのバインドは、通常の方法で変更できます（キーバインドのカスタマイズ を参照）。修飾キー自体もカスタマイズ可能です。Mac / GNUstep のカスタマイズ を参照してください。
S-mouse-1 は、mouse-3 (mouse-save-then-kill) と同様に領域をクリック位置に調整します。また、S-mouse-1 が通常行うように、デフォルトのフェイスを変更するためのメニューを表示することはありません（テキストスケール を参照）。この変更により、Emacs は他の Mac
/ GNUstep アプリケーションに近い動作になります。
メニューや Cmd-o および Cmd-S バインディングを使用してファイルを開いたり保存したりする場合、Emacs はグラフィカルなファイルダイアログを用いてファイル名を読み取ります。一方、C-x C-f などの通常の Emacs キーシーケンスを使用する場合、Emacs はミニバッファを用いてファイル名を読み取ります。
GNUstepのX-windows環境では、テキストをXのプライマリセレクションに転送する場合、C-wやM-wコマンドのいずれかではなくCmd-cを使用する必要があります。そうしないと、Emacsはクリップボードのセレクションを使用します。同様に、Cmd-y（C-yの代わりに）は、キルリングやクリップボードではなく、Xのプライマリセレクションからヤンクします。
latexやmanなど、Emacs上で動作する多くのプログラムは、環境変数の設定に依存しています。Emacsをシェルから起動した場合、自動的にこれらの環境変数を継承し、そのサブプロセスもそれらを継承します。しかし、EmacsをFinderから起動した場合は、どのシェルの子プロセスでもないため、環境変数が設定されておらず、その結果、起動したサブプロセスがシェルから起動した場合とは異なる挙動を示すことがよくあります。
PATH および MANPATH 変数については、macOS では /etc/paths ファイルと /etc/paths.d ディレクトリを用いたシステム全体にわたる PATH 設定方法が推奨されています。