MS-DOS版Emacsはマウスをサポートしています（デフォルトのターミナルのみ）。マウスコマンドは、メニューやメニューバーを使用するものを含め、ドキュメントに記載されている通りに動作します（メニューバーを参照）。MS-DOS版Emacsではスクロールバーは動作しません。PC用マウスは通常2つのボタンしかなく、これらはmouse-1およびmouse-2として機能しますが、両方を同時に押すとmouse-3と同じ動作になります。マウスに3つのボタンがある場合、Emacsは起動時にそれを検出し、Xと同様に3つのボタンすべてが正常に機能します。
メニューバーやポップアップメニューのヘルプ文字列は、マウスポインタがメニュー項目上を移動する際にエコーエリアに表示されます。また、マウス操作に反応するテキストのハイライト表示（マウスによる参照箇所の追従を参照）にも対応しています。
マウスドライバによっては、マウスボタンの数を正しく報告しないものがあります。例えば、ホイール付きのマウスではボタンが3つあると報告されますが、実際にEmacsに渡されるのはそのうち2つだけで、中央ボタンとして機能するホイールのクリックは渡されません。このような場合、M-x msdos-set-mouse-buttonsコマンドを使用して、期待するマウスボタンの数をEmacsに伝えることができます。_emacs初期化ファイルに以下の断片を追加することで、この設定を永続化できます：
;; Treat the mouse like a 2-button mouse.
(msdos-set-mouse-buttons 2)
MS-DOS向けにビルドされたEmacsは、Windows上で動作する際にクリップボード操作をサポートします。キルリングにテキストを格納したり、リングからテキストをヤンクしたりするコマンドは、EmacsがX Window System上で動作する場合と同様に、まずWindowsのクリップボードを確認します（編集用マウスコマンドを参照）。Windows上のMS-DOS版Emacsでサポートされているのは、プライマリ選択とカットバッファのみであり、セカンダリ選択は常に空として表示されます。
Windowsにおけるクリップボードアクセスの実装方式により、クリップボードに格納できるテキストの長さは、Emacsが利用可能なDOSの空きメモリ量によって制限されます。通常、最大620KBまでのテキストをクリップボードに格納できますが、この制限はシステム構成に依存し、Emacsを別のプログラムのサブプロセスとして実行している場合はさらに低くなります。キルされたテキストが収まりきらない場合、Emacsはその旨のメッセージを出力し、テキストをクリップボードに格納しません。
ヌル文字もWindowsのクリップボードに格納することはできません。キルされたテキストにヌル文字が含まれている場合、Emacsはそのテキストをクリップボードに格納せず、エコーエリアにその旨のメッセージを表示します。
変数 dos-display-scancodes は、nil でない場合、各キーストロークの ASCII
値とキーボードスキャンコードを表示するよう Emacs に指示します。この機能は、デバッグ用の view-lossage コマンドを補完するものです。