ほとんどのウィンドウマネージャでは、Emacsフレームをアイコン化（または「最小化」）して、視界から隠すことができます。アイコン化されたウィンドウを小さなアイコンに置き換えるウィンドウマネージャもあれば、完全に非表示にするものもあります。「-iconic」オプションを指定すると、Emacsはすぐにフレームを表示せず、アイコン化された状態で起動します。テキストフレームは、アイコン化を解除（または「最小化解除」）するまで表示されません。
デフォルトでは、EmacsはEmacsのロゴが入ったアイコンを使用します。Gnomeなどのデスクトップ環境では、このアイコンはEmacsフレームに切り替える際など、他の場面でも表示されます。‘-nbi’または‘--no-bitmap-icon’オプションを指定すると、ウィンドウマネージャにどの種類のアイコンを使用するかを選択させるようEmacsに指示できます—通常はフレームのタイトルが入った小さな長方形です’。