EmacsをHaikuのウィンドウシステム対応でビルドした場合、複数の異なるフォントバックエンドをサポートしますが、サポートされるサブセットは、Emacsの設定時に存在し、有効になっていた依存関係の一覧によって決まります。使用するフォントバックエンドは、Emacsの起動コマンドラインに-xrm Emacs.fontBackend:backend（backendは以下に挙げるバックエンドのいずれか）を指定するか、あるいはフレームごとのパラメータfont-backendを変更することで指定できます。
これらのバックエンドのうち、ftcrとftcrhbの2つは、X Window Systemにおける対応バックエンドと同一です。また、haikuというHaiku専用のバックエンドもあり、これはApp
Serverを使用してフォントを描画しますが、現時点ではカラーフォントや絵文字を表示できません。