EmacsをGTK+ツールキット対応でコンパイルした場合、GTK+ウィジェット（メニュー、ダイアログ、ツールバー、スクロールバーなど）をカスタマイズする最も簡単な方法は、例えばGNOMEテーマセレクターなどを用いて適切なGTK+テーマを選択することです。
GTK+ バージョン 2 では、GTK+ リソース を使用して、Emacs で使用される GTK+ ウィジェットの外観をカスタマイズすることもできます。これらのリソースは、ファイル ~/.emacs.d/gtkrc（Emacs 固有の GTK+ リソース用）または ~/.gtkrc-2.0（汎用的な GTK+ リソース用）のいずれかで指定します。GNOME で GConf を実行する際、GTK+ は ~/.gtkrc-2.0 を無視するようなので、~/.emacs.d/gtkrc の使用を推奨します。ただし、一部の GTK+ テーマでは ~/.emacs.d/gtkrc のカスタマイズが上書きされる場合があり、これについては対処できません。GTK+ リソースは、メインの Emacs ウィンドウのフォントや色など、GTK+ ウィジェットとは無関係な Emacs の要素には影響しません。これらは通常の X リソースによって制御されます（X リソース を参照）。
以下のセクションでは、Emacs向けにGTK+リソースをカスタマイズする方法について説明します。GTK+リソースの詳細については、https://developer-old.gnome.org/gtk2/stable/gtk2-Resource-Files.htmlにあるGTK+ APIドキュメントを参照してください。
GTK+ バージョン 3 では、GTK+ リソースが完全に異なるシステムに置き換えられました。GTK+ ウィジェットの外観は、現在では CSS のようなスタイルファイルによって決定されます。GTK+ のインストールディレクトリには gtk-3.0/gtk.css が、ローカルのスタイル設定には ~/.themes/theme/gtk-3.0/gtk.css が使用されます（ここで theme は現在の GTK+ テーマ名です）。したがって、本節における GTK+ リソースの説明は GTK+ 3 には適用されません。GTK+ 3 のスタイリングシステムの詳細については、https://developer-old.gnome.org/gtk3/3.0/GtkCssProvider.html を参照してください。