マージ中は、AおよびBバッファを自身で編集しようとしてはいけません。Emergeはこれらを一時的に変更しますが、最終的には元の状態に戻します。
同時にいくつでもマージを実行できます。ただし、あるバッファを一度に複数のマージの入力として使用しないでください。これらのバッファに加えられた一時的な変更が、互いに干渉してしまうためです。
Emergeの起動には、ファイルを完全に比較する必要があるため、時間がかかることがあります。diffが完了するまで、Emacsは他の処理を行うことができません。将来的には、入力ファイルが大きい場合にバックグラウンドで比較を行うようEmergeが変更されるかもしれません。そうなれば、Emergeがコマンドを受け付けられる状態になるまで、Emacsで他の作業を続けることができるようになります。
マージの設定後、Emergeはフック emerge-startup-hook を実行します。フックを参照してください。