コメントはプログラミングにおいて非常に重要な要素であるため、Emacsではコメントの編集や挿入のための専用コマンドが用意されています。また、Flyspell Progモードを使えば、コメントのスペルチェックを行うことも可能です（スペルチェックと修正を参照）。
主要なモードの中には、各種コメントのインデントに関する特別なルールを持つものがあります。例えばLispコードでは、セミコロン2つで始まるコメントはコード行と同様にインデントされますが、セミコロン3つで始まるコメントは左端に揃えることになっており、セクション分けの目的で用いられることが多いです。Emacsはこうした慣習を認識しており、例えばコメント行で TAB と入力すると、そのコメントが適切な位置にインデントされます。
;; This function is just an example. ;;; Here either two or three semicolons are appropriate. (defun foo (x) ;;; And now, the first part of the function: ;; The following line adds one. (1+ x)) ; This line adds one.