バージョン管理の用途の一つに、ブランチと呼ばれる複数の独立した開発系統をサポートすることが挙げられます。ブランチは、とりわけ、プログラムの安定版と開発版を個別に維持したり、互いに関連のない機能を独立して開発したりする際などに活用できます。
VCのブランチ操作に対するサポートは、現状ではかなり限定的です。分散型バージョン管理システムでは、あるブランチの内容を別のブランチで更新するコマンドや、2つの異なるブランチに加えられた変更をマージするコマンドが提供されています（ブランチのマージを参照）。集中型バージョン管理システムでは、異なるブランチのチェックアウトや、新規または別のブランチへのコミットをサポートしています。