ほとんどのVCコマンドはVCファイルセットを対象とします。VCファイルセットとは、VC操作の対象となる1つ以上のファイルの集合のことです。バージョン管理対象のファイルを表示しているバッファでVCコマンドを入力した場合、VCファイルセットは単にその1つのファイルとなります。VCディレクトリバッファでコマンドを入力し、その中の一部のファイルにマークが付いている場合、VCファイルセットはマーク付きのファイルで構成されます（VCディレクトリモードを参照）。同様に、DiredバッファからVCコマンドを呼び出した場合、VCファイルセットはマーク付きのファイルで構成されます（Diredのマークとフラグを参照）。マーク付きのファイルがない場合は、現在の行に表示されているファイルがデフォルトとなります。
Git、Mercurial、Bazaarといった現代的なチェンジセットベースのバージョン管理システム（チェンジセットベース vs ファイルベースのバージョン管理を参照）では、VCコマンドが複数ファイルからなるVCファイルセットを一つのグループとして扱います。例えば、複数ファイルからなるVCファイルセットをコミットすると、それらすべてのファイルの変更内容を含む単一のリビジョンが生成されます。CVSのような旧来のファイルベースのバージョン管理システムでは、複数ファイルからなるVCファイルセット内の各ファイルが個別に扱われるため、ファイルセットをコミットすると、そのファイルセット内で変更されたファイルごとに一つのリビジョンが生成されます。
現在のVCファイルセットに対して、次に適切なバージョン管理操作を実行します。
主要なVCコマンドは汎用コマンドであるC-x v v (vc-next-action)であり、現在のVCファイルセットに対して、バージョン管理システムへの登録、コミット、ロック解除、あるいは変更のマージといった、最も適切な操作を実行します。各状況における具体的な操作内容については、以下のサブセクションで詳しく説明します。C-x v
vは、ファイル閲覧バッファ、Diredバッファ、またはVCディレクトリバッファのいずれかで使用できます。後者の2つの場合、このコマンドはマークされたファイルで構成されるファイルセットに対して動作します。また、Diffモード（Diffモードを参照）でパッチが表示されているバッファでC-x v
vを使用することもでき、この場合、コマンドはバッファにdiffが表示されているファイルに対して動作します。
なお、VCファイルセットは、機能グループ内でファイルの閲覧やアクセスに使用する名前付きファイルセットとは異なります（ファイルセットを参照）。名前付きファイルセットとは異なり、VCファイルセットには名前が付与されておらず、セッションをまたいで保持されることもありません。