ミニバッファが使用されているときは、エコーエリアにカーソルと共に表示されます。ミニバッファはプロンプトで始まり、通常はコロンで終わります。プロンプトには、どのような入力が期待され、それがどのように使用されるかが示されます。プロンプトはminibuffer-promptフェイス（テキストフェイスを参照）を用いてハイライトされます。
ミニバッファ引数を入力する最も簡単な方法は、テキストを入力し、RET を押して引数を送信してミニバッファを抜けることです。あるいは、C-g と入力して、引数を求めるコマンドをキャンセルすることでミニバッファを抜けることもできます（終了と中断を参照）。
プロンプトには、コロンの前の括弧内にデフォルト引数が表示されることがあります。単にRETと入力すると、このデフォルト値が引数として使用されます。例えば、バッファ名を読み取るコマンドでは通常、バッファ名がデフォルトとして表示され、RETと入力することでそのデフォルトバッファを操作できます。ユーザーオプションminibuffer-default-prompt-formatを使用すると、デフォルト引数の表示方法をカスタマイズできます。
グローバルマイナーモードである「Minibuffer Electric Default」を有効にすると、ミニバッファの内容を変更した瞬間に、Emacsはデフォルト引数を非表示にします（RET と入力しても、そのデフォルト引数は送信されなくなるためです）。元のミニバッファテキストに戻すと、プロンプトに再びデフォルト引数が表示されます。このマイナーモードを有効にするには、M-x minibuffer-electric-default-mode と入力してください。
ミニバッファはエコーエリアに表示されるため、エコーエリアの他の用途と競合することがあります。ミニバッファがアクティブな状態でエラーメッセージや情報メッセージが出力された場合、そのメッセージはミニバッファのテキストの後に括弧で囲まれて数秒間、あるいは何かを入力するまで表示され、その後消えます。ミニバッファが使用されている間、Emacsはキーストロークをエコーしません。
ミニバッファの使用中に、入力が必要なテキストをメモするためなどに、別のフレームに切り替えることができます（フレームコマンドを参照）。デフォルトでは、アクティブなミニバッファはこの新しいフレームに移動します。ユーザーオプション
minibuffer-follows-selected-frame を nil
に設定すると、ミニバッファは開いたままのフレームに留まり、現在のコマンドを完了（または中止）させるには、そのフレームに戻る必要があります。このオプションを
nil でも t
でもない値に設定した場合、現在のコマンド内で再帰的なミニバッファが開かれた後にのみ、ミニバッファがフレームを移動します（(elisp)Recursive
Miniを参照）。このオプションは、主に Emacs 28.1
以前の動作を（概ね）維持するためのものです。なお、ミニバッファの使用を最終的に終了した際のコマンドの効果は、常に最初に開いたフレームで実行される点に注意してください。唯一の例外は、そのフレームが存在しなくなった場合で、その場合は現在選択されているフレームで処理が行われます。