個人用の初期化ファイルに加えて、Emacsはサイト全体の各種初期化ファイルが存在する場合、それらを自動的に読み込みます。これらは.emacsファイルと同じ形式ですが、すべてのユーザーによって読み込まれます。
サイト全体の初期化ファイルである site-load.el と site-init.el の2つがEmacsにロードされ、最も一般的な方法として、ダンプ版のEmacsが作成される場合はダンプされます。（ダンプ版のEmacsはロード速度が速くなります。ただし、一度ファイルがロードされてダンプされると、自身でロードするかEmacsを再ダンプしない限り、そのファイルを変更してもEmacsに反映されることはありません。The GNU Emacs Lisp Reference Manual の Building Emacs および INSTALL ファイルを参照してください。）
他にも3つのサイトワイドな初期化ファイルがあり、存在する場合はEmacsを起動するたびに自動的に読み込まれます。これらは、.emacsファイルの前に読み込まれるsite-start.elと、.emacsファイルの後に読み込まれるdefault.elおよびターミナルタイプファイルです。
.emacs ファイルの設定および定義は、site-start.el ファイルが存在する場合、その中の競合する設定や定義を上書きします。ただし、default.el またはターミナルタイプファイルの設定および定義は、.emacs ファイルのそれらを上書きします。（term-file-prefix を nil
に設定することで、ターミナルタイプファイルによる干渉を防ぐことができます。シンプルな拡張 を参照してください。）
配布版に含まれるINSTALLファイルには、site-init.elおよびsite-load.elファイルの説明が記載されています。
loadup.el、startup.el、loaddefs.el の各ファイルが読み込みを制御しています。これらのファイルは Emacs ディストリビューションの lisp ディレクトリにあり、一読の価値があります。
loaddefs.el ファイルには、自身の .emacs ファイルやサイト全体の初期化ファイルに記述すべき内容に関する提案が数多く盛り込まれています。